蚊子主要的危害是传播疾病。据研究，蚊子传播的疾病达80多种之多。在地球上，再没有哪种动物比蚊子对人类有更大的危害。
我国能传播疾病的蚊大致可分为三类：一类叫按蚊，俗名疟蚊，主要传播疟疾。据不完全统计，1929年的1年内，全世界因患疟疾致死的约200万人。另一类叫库蚊，主要传播丝虫病和流行性乙型脑炎。第三类叫伊蚊，身上有黑白斑纹，又叫黑斑蚊，主要传播流行性乙型脑炎和登革热。
疟疾又称瘴气。据1935年卫生署的调查，在瘴气盛行的区域里，居民血液内有疟原虫的占50％，患恶性疟疾的占72％。1876年开凿巴拿马运河时曾因黄热病及疟原死了无数的工人，以致1889年不得已而停工。后经昆虫学家解决了蚊子的问题才得以继续完成运河工程。
蚊子是怎样把病原传入人体的呢?当疟蚊吸食患有疟疾病人的血液，也把其中的疟原虫(疟疾的病源)吸进体内。它们再咬人时，疟原虫又从蚊子的口中注入被咬者的体内了。十天以后，疟原虫开始在接近皮肤的血管内出现。它们在患者的红血球内繁殖，分裂成大量的小原虫，这些小原虫破坏红血球并释放一种毒素。每个小疟原虫又侵入其它红血球而继续繁殖，使得病人体内疟原虫和毒素越来越多，引起患者发冷和发烧。得了疟疾的病人首先发冷，全身抖个不停，但体温表测验体温是高的。大约经过一小时，病人才觉得发烧，这时体温继续上升，三、四小时之后开始出汗、体温下降，再过几小时病人觉得松快，病好像过去了，其实这时小原虫已侵入新的红血球，又开始繁殖。当疟原虫再次破坏红血球而出时病人又发病而形成第二回合。除非获得适当的治疗否则这种发作将有规律地继续下 去而令人痛苦不堪。疟疾给人类造成的损失是相当大的，病人身体衰弱，工作效率低，严重时还会丧失生命。
　　日本乙型脑炎即流行性乙型脑炎，也是由蚊子(库蚊与伊蚊)传带的，通常称为大脑炎。患者发烧、头疼、呕吐，抽风、昏睡、昏迷。治疗上没有特效药品，所以病死率相当高。
　　蚊子咬吸了合有本病毒的人或动物的血液后，经过一个相当时期就具有了感染性，再叮咬没有免疫力的人时可以使被咬者发病。
此外，库蚊和按蚊还传播丝虫病。